Instalasi Farmasi RSIA Harapan Bunda Kudus merupakan penunjang medis yang memiliki fungsi untuk perencanaan, pengadaan, penyimpanan, distribusi, pencatatan, dan pemusnahan obat yang berada di Rumah Sakit. Instalasi Farmasi juga memberikan konseling tentang informasi obat pasien baik di ruag perawatan maupun pasien rawat jalan.
Pelayanan Farmasi berupa penyediaan obat-obatan dan alat-alat kesehatan bagi pasien rawat jalan dan rawat inap. Farmasi buka 24 jam. Instalasi Farmasi dilengkapi dengan fasilitas : rak obat, lemari obat, kulkas, penyimpanan obat, blender racik, dan alat pendukung lainya. SDM farmasi terdiri dari Apoteker, Apoteker pendamping dan tenaga teknis kefarmasian.